任天堂3DS的電子商店「eShop」將會在公開首日，即2011年6月6日推出第一款神奇寶貝在3DS平台的遊戲，標題為「神奇寶貝圖鑑3D」。所有3DS玩家可以免費下載到該遊戲。

神奇寶貝圖鑑3D包含了合眾地方已公開的全部153種神奇寶貝，並提供每種神奇寶貝可以學到的技能、特性和進化等信息。玩家可以以360度觀看神奇寶貝的3D全貌。遊戲中可以為神奇寶貝創建書籤，也可以方便地搜索。

在首次運行該遊戲時，會有16種神奇寶貝的信息，其它神奇寶貝可以通過SpotPass（通過互聯網下載）每天配信3隻，和其它玩家交換，或掃描二維碼獲得。

另外，通過3DS的實境功能，還可以把神奇寶貝放到3D照片中。

之前，神奇寶貝國際公司曾要求iOS和Android平台多款類似應用程序下架，曾有玩家認為與官方應用的發布有關。

6月3日更新：
神奇寶貝官方網站更新了日版和歐版的信息，日版標題為「ポケモン立體図鑑BW」（神奇寶貝立體圖鑑BW），將於6月17日提供下載；歐版將於6月7日提供下載，價格均為免費。

消息來源：Bulbanews