3DS應用「神奇寶貝全國圖鑑Pro」已經於今晨在日版3DS eShop發售，所有日版3DS玩家都可以登錄eShop購買，售價1500日元，需要佔用SD卡約3300塊（約420MB）空間。

遊戲包含了神奇寶貝圖鑑、技能圖鑑、神奇寶貝挑戰、記錄/畫廊、AR查看器五種模式，支持日語、英語、法語、德語、意大利語、西班牙語六種語言切換，收錄了除メロエッタ與ゲノセクト之外的全部神奇寶貝的全部形態資料。